Desde octubre de 2015 la Comisión Nacional Anticorrupción, conformada por 11 miembros y encabezada por el Economista Jorge Rodríguez, enfrenta dos procesos judiciales así como constantes descalificaciones por parte de altos funcionarios del Estado. Estas acciones se fundamentan en la presentación que hiciera la Comisión a los medios de comunicación, el pasado 22 de septiembre de 2015, de un informe que denuncia un supuesto perjuicio contra el Estado ecuatoriano en la construcción de la central hidroeléctrica Manduriacu, adjudicado a la constructora Odebrecht.
Un proceso penal por calumnias ha sido iniciado por el ministro de electricidad Esteban Albornoz, en calidad de presidente del directorio de la Empresa Pública Estratégica Corporación Eléctrica del Ecuador, contra todos los miembros de la Comisión. La acción se ampara en el artículo 182 del Código Orgánico Integral Penal (COIP), y se pide una indemnización de un millón de dólares y prisión de hasta un año para los integrantes de la veeduría: María de Lourdes Arboleda, Bayron Celi, Simon Espinosa, Isabel Robalino, Germán Rodas, Jorge Rodríguez, Ramiro Román, David Rosero, Julio César Trujillo, Juan Fernando Vega y Gustavo Cedeño.
En su escrito, Albornoz asegura que se lo ha acusado de peculado y mencionó que “en el texto del boletín de prensa e informe elaborado por la autodenominada Comisión Nacional Anticorrupción (…) se evidencia que estos personajes en forma dolosa y con malicia, sin ningún sustento ni fundamento, expresan ante la opinión pública nacional, hechos alejados de la verdad, realizando imputaciones falsas de delitos inexistentes, que vulneran mis derechos y garantías previstos en la Constitución, lesionando gravemente mi buen nombre, fama, honra y dignidad, afectando mi trayectoria personal y profesional desarrollada a través de muchos años de trabajo en el sector público como en el sector privado.”
Un proceso civil fue planteado por el Prefecto de Pichincha, Gustavo Baroja, en contra de dos de sus once miembros; Jorge Rodríguez y Germán Rodas, por supuesto daño moral. En él, se pide una indemnización de tres millones de dólares por considerar que se acusa al funcionario “de ser la cabeza de hechos anómalos del contrato que fueron denunciados en esta rueda de prensa”. En este sentido, Baroja expuso que las denuncias de la Comisión han ocasionado a él, su familia y a la entidad que representa “un grave daño moral” a su honor y buen nombre, pero, además, “sufrimientos, ansiedad, desesperación y humillación, como afecciones que surgen de las falsas imputaciones emanadas por los demandados de forma pública”.
A estos procesos se suman las amenazas y descalificaciones de funcionarios del Estado. El vicepresidente Jorge Glas, se ha referido a la Comisión como «un grupo de amigos de la oposición, claramente identificados, que se reúnen para tirar lodo con ventilador«. El pasado 27 de febrero de 2016, advirtió que los miembros de la Comisión enfrentarán nuevos procesos legales, tras rechazar una nueva denuncia de un supuesto sobreprecio en la compra de un terreno para la Refinería del Pacífico en Manabí. Durante un Enlace Ciudadano aseguró que nuevamente tendrán una respuesta judicial por parte de las personas que han sido acusadas. El 26 de septiembre de 2015 Glas ya había amenazado con juicios a los miembros de esta Comisión por sus denuncias y aseguró que “tendrán que responder penal y civilmente por todas y cada una de las cosas que han dicho«.
En declaraciones recientes, el Contralor Carlos Pólit, en entrevista para el diario estatal El Telégrafo, acusó a la Comisión de no estar amparada por la ley al no ser una veeduría acreditada por el Consejo de Participación Ciudadana y aseguró que a su juicio, se estaría arrogando funciones de la Contraloría General del Estado.
Finalmente, el presidente Rafael Correa, en un conversatorio con los medios el 29 de marzo de 2016 acusó a la Comisión de decir falsedades y ordenó al Ministro Albornoz que se arme un debate para “desnudar a estos farsantes”.